Issue des thèses de Martin Luther, la religion réformée, née début du XVIe siècle, préconise l’autorité exclusive des Ecritures, une relation directe à Dieu (rejet de l’autorité du pape, refus du culte de la Vierge, des saints et des reliques). Si le massacre des protestants, à Wassy en 1562, marque le début des guerres de Religion, le protestantisme est déjà présent dans le sud-ouest de la France, notamment par Jeanne d’Albret, reine de Navarre et comtesse de Foix. Son fils Henri devient Henri IV en 1589. En 1598, il signe l’Edit de Nantes, qui reconnait la liberté de culte pour tous et qui met fin aux 1ères guerres de Religion. Mais son assassinat en 1610 marque le début des 2èmes guerres de Religion. Elles durent jusqu’en 1629, date de la Paix de grâce d’Alès. La religion catholique est rétablie partout, et la religion réformée est partout autorisée. Cependant, en 1685, Louis XIV signe la révocation de l’édit de Nantes, interdisant le culte protestant sur le territoire français.
Sur notre territoire, elle touche la seigneurie de Léran vers le milieu du XVIe siècle. La conversion des seigneurs entraîne celle des populations, notamment dans les métiers de l’artisanat et du commerce. Le premier temple construit est celui de Léran, en 1561. À Bélesta, le culte catholique est proscrit en 1559 et un temple est érigé vers 1572, un peu après celui de La Bastide sur l’Hers. Jean-Claude de Lévis-Léran, dit " le sire d’Audou " est un des personnages les plus marquants du protestantisme en terres d’Ariège à partir de 1565. Chef des protestants dans le comté de Foix, il est le bras droit de Henri de Navarre. Lors des 2èmes guerres de Religion, plusieurs villes sont attaquées et brûlées par le comte de Carmaing, gouverneur de Foix. C’est le cas de La Bastide sur l’Hers, le Peyrat et Limbrassac. Bien que chacune des lignées produise d’actifs chefs de guerre, l’appartenance familiale reste primordiale sur la confession religieuse. Le choix des conjoints et les lieux de sépulture restent catholiques. Les Lévis-Léran reviennent à leur religion première au XVIIIe siècle.