Autour de l’An Mil, les castrum se multiplient dans notre région. Symbole de puissance tout autant que système défensif, ils se composent généralement de la maison forte du seigneur au sommet et de la "basse-cour" en contrebas, qui accueille les autres habitations et les bâtiments agricoles. Celui de Massabrac est cité dans les registres d’Inquisition, notamment dans la déposition de Béranger de Lavelanet, en 1244 : "[…] Raymond Pierre de Massabrac, […], tous de Massabrac, et d’autres de ce castrum […] venaient au castrum de Montségur et y apportaient des victuailles à vendre". C’est dans ce castrum que l’évêque cathare du Toulousain, Guilhabert de Castres, et son escorte passèrent la nuit en 1232 avant de se rendre à Montségur pour demander asile. On sait que cet ancien castrum se situe sur le territoire actuel de Bénaix, mais les données actuelles ne nous permettent pas de le situer exactement. En effet, plusieurs endroits sur la commune comprennent aujourd’hui des vestiges de murs. C’est notamment le cas des lieux-dits Bigot (propriété privée) et la Tour, près de Mandrau.
Une famille Massabrac porte aussi le nom du lieu selon un usage qui se répand autour de l’An Mil. Elle est attestée dès le XIIe siècle dans le cartulaire de Saint-Sernin : un certain Bertrand de Massabrac est cité comme témoins lors de dons faits à l’Abbaye, vers 1135. Au siècle suivant, les membres de cette famille sont connus pour leur proximité avec la religion cathare.
Même si aujourd’hui ils font partie de la même commune, durant le Moyen Âge, les lieux de Massabrac et Bénaix sont cités indépendamment l’un de l’autre.
Au début de la croisade contre les cathares (1209), ces deux lieux font partie du comté de Foix, puis comme les villages alentours, ils sont donnés à Gui de Lévis, bras droit de Simon de Montfort, lors de la création de la seigneurie de Mirepoix, également appelée "Terre du Maréchal". De 1300 à 1367, ils en sont tous deux distraits pour rejoindre l’éphémère seigneurie de Montségur-Lagarde, donnée en héritage à François de Lévis-Lagarde. Ils reviennent ensuite aux Lévis-Mirepoix jusqu’à la création de la seigneurie de Lavelanet, en 1627.
Cette dernière fut accordée à Jean de Lévis, puis fut léguée à sa fille Marguerite qui la fit entrer dans la famille de Fumel au début du XVIIIe siècle. Bénaix a également porté un temps le nom de Sainte-Foy de Bénaix, au moins entre 1540 et 1607, d’après les textes connus. En 1762, les Reconnaissances des habitants de Bénaix mentionnent un lieu-dit "la Tour" et "le Rocher de la Tour" mais on ne sait pas exactement où les situer.